Era el 22 de junio de 2012 y Atlético Nacional anunció la contratación de Jefferson Duque como refuerzo. Fue un nombre que para muchos de los hinchas verdolagas pasaban de incógnito y más en el contexto de que en el primer semestre se reforzaron hasta los dientes con 15 jugadores para obtener la Copa Libertadores pero salieron eliminados en octavos de final y en la Liga no entraron
a los cuadrangulares.